1.排斥注册程序协调规则 TRIPS协定纳入了巴黎公约的商标注册标准，同时又增加了许多新的标准，从而大大推进了商标注册国际协调运动。但该协定主要针对各国商标注册的实体规则，只包含少量的注册保障程序要求，并未广泛涵盖注册程序规则。如本章第一节所述，WIPO管辖下的程序性规则经历了长期的发展已趋于成熟完备，得到越来越广泛的接受，但TRIPS协定并未积极吸收这些程序规则。在这个意义上，TRIPS协定并不是一个全面的跨国商标注册国际协调制度，具有一定的局限性。 2.成员间利益的不平衡性 TRIPS协定下商标注册规则虽然体现了相关利益人之间的平衡保护，但是就从国际关系的角度看，并未能很好的实现所有成员，特别是发达国家与发展中国家成员的利益平衡。原因主要有两个:一是TRIPS协定下商标注册制度产生的主要推动者为发达国家及其所拥有的跨国公司，他们出于贸易市场竞争利益的维护，极力推动商标协调从外部程序制度向其他国家内部实体规则的拓展，由此所达成的商标统一注册标准最直接的受益者仍是发达国家与其跨国公司，发展中国家获益相对有限。（关于发达国家特别是发达国家跨国公司对于TRIPS协定形成影响的分析，可参见Duncan Mat-thews. Globalizing Intellectual Property Rights The TRIPS Agreement［M］. Routledge Press，2002.）二是TRIPS协定商标领域的谈判以发达国家之间的谈判为基本格局，并主要是在发达国家所提供的建议文本基础上进行的，发展中国家的谈判声音与力量相对弱小，因此最终确立的商标注册制度从根本上更体现了发达国家意愿（在TRIPS协定商标条款谈判过程中发达国家与发展中国家存在较为明显的的分歧。相比于发达国家所提出的统一的高水平保护标准，发展中国家主张商标注册标准与所授予的权利应当由成员国内法决定。他们担心外国商标在本国市场中的使用会影响本国市场的社会经济。例如印度，认为外国商标宣传鼓励了无意义的奢侈消费，有损其社会价值，并且扰乱了资源的分配，还导致外汇大量流出。因此印度主张外国商标在其国内市场上使用应当符合其国内的发展目标，并建议应确保外国商标发挥其质量保证功能。其他许多发展中国家也表达了类似的看法，他们的观点更集中于商标权利的实施方面，反对在商标领域采取高标准的保护。但是发展中国家的提案后来在1990年主席草案中被欧共体与美国的提案所取代，因此，发展中国家的主张并未对TRIPS协定商标条款方面产生非常重要的影响。Nuno Pires de Carvalho. The Trips Regime of Trademark and Design［M］. Kluwer Law International，2006:210.），是其推动全球知识产权发展政策的重大胜利。
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