需要删除修改的部分：
1、保持DEDE更新，及时打补丁。
2、装好DEDE后及时把install文件夹删除
3、后台目录改名，最好是改成MD5形式的，最好长点
4、如果是使用HTML可以把plus下的相应文件和根目录下的index.php做掉（用不到的全删掉，还可以把数据库里面不用的表删除掉）
5、不用留言本的可以把plus下的guestbook做掉
6、不用会员的可以把member做掉
7、后台的文件管理（管理目录下file_manage_xxx.php），不用的可以做掉，这个不是很安全，至少进了后台上传小马很方便
8、下载发布功能（管理目录下soft__xxx_xxx.php），不用的话可以做掉，这个也比较容易上传小马的
9、安装的时候数据库的表前缀，最好改一下，不用dedecms默认的前缀dede_,可以改成ljs_,随便一个名称即可。
10、后台登录开启验证码功能，将默认管理员admin删除，改成一个自己专用的，复杂点的账号。
11、用不到的功能一概关闭，比如会员、评论等，如果没有必要通通在后台关闭。
12、以下一些是可以删除的目录：
member会员功能
special专题功能
company企业模块
plus\guestbook留言板
13、以下是可以删除的文件：
后台目录下的这些文件是后台文件管理器，属于多余功能，而且最影响安全
file_manage_control.php file_manage_main.php file_manage_view.php media_add.php media_edit.php media_main.php
14.data目录路径更改
另外在DedeCMS V5.7中用户也可以设定data目录到上一级非web访问目录，基本操作如下：
1.将data目录移动到上一级目录中，这里直接剪切过去就可以了；
2.配置include/common.inc.php中DEDEDATA文件
define(‘DEDEDATA’, DEDEROOT.’/data’);
可以改成类如：
define(‘DEDEDATA’, DEDEROOT.’/http://www.cnblogs.com/data’);
15、不需要SQL命令运行器的将dede/sys_sql_query.php 文件删除。
16、不需要tag功能请将根目录下的tag.php删除。不需要顶客请将根目录下的digg.php与diggindex.php删除。
17、多关注dedecms官方发布的安全补丁，及时打上补丁。
18、下载发布功能（管理目录下soft__xxx_xxx.php），不用的话可以删掉，这个也比较容易上传小马的.
19、最安全的方式：本地发布html，然后上传到空间。不包含任何动态内容，理论上最安全，不过维护相对来说比较麻烦。
20，还是得经常检查自己的网站，被挂黑链是小事，被挂木马或删程序就很惨了，运气不好的话，排名也会跟着掉。所以还得记得时常备份数据.
21、不需要专题的，建议删除special 目录，需要可以在生成HTML后，删除special/index.php 然后把这目录设置为可读写，不可执行的权限；
权限设置部分：
1、 data、templets、uploads、a或5.3的html目录，设置可读写，不可执行的权限；
2、 include、member、plus、后台管理目录设置为可执行脚本，可读，但不可写入（安装了附加模块的，book、ask、company、group 目录同样如此设置）。
数据库部分设置：
1、 不要对网站直接使用MySQL root用户的权限，给每个网站设置独立的MySQL用户帐号，许可权限为：
SELECT, INSERT , UPDATE , DELETE
CREATE , DROP , INDEX , ALTER , CREATE TEMPORARY TABLES
由于DEDE并没有任何地方使用存储过程，因此务必禁用FILE、EXECUTE 等执行存储过程或文件操作的权限。
